Česká geologická služba je organizačně členěna do pěti útvarů v rámci více pracovišť spadajících pod ředitelství v Praze a pobočku v Brně. Tyto útvary se dále dělí na odbory a oddělení, u každého z nich jsou uvedena příslušná organizační čísla (v závorkách), vedoucí a seznam všech příslušných zaměstnanců s kontakty a odkazy na osobní stránky.
Vrcholové vedení je hlavním řídícím orgánem ČGS s výkonnými rozhodovacími pravomocemi.