Po letech jednání došlo k dlouho zamýšlenému sloučení funkcí Geofondu a České geologické služby. Opatřením č. 3/11 Ministerstvo životního prostředí jakožto zřizovatel zrušilo ke dni 31. 12. 2011 organizační složku státu s názvem Česká geologická služba – Geofond a Opatřením č. 5/11 vydalo aktualizované úplné znění zřizovací listiny státní příspěvkové organizace Česká geologická služba.
Od 1. ledna 2012 většina bývalých pracovníků Geofondu nastoupila do České geologické služby. V rámci České geologické služby je ustanoven nový útvar (600) Geofond a jeho vedoucím a náměstkem ředitele ČGS byl jmenován RNDr. Vít Štrupl. Sídlo útvaru, a tedy i výpůjční služba výsledků geologických prací a geologické dokumentace zůstávají v Kostelní 26, Praha 7. Na přechodnou dobu zůstanou v provozu stávající e-mailové adresy (geofond@geofond.cz i další), avšak datová schránka ČGS – Geofondu (ID: k2fabc5) je zrušena. V případě orgánů veřejné moci lze pro předávání datových zpráv prostřednictvím informačního systému datových schránek proto nyní využívat výhradně datovou schránku České geologické služby (ID: siyhmun). Pro jiné subjekty bude datová schránka funkční až po změně jejího statutu, kterou provede MV ČR. O plné funkčnosti datové schránky budeme veřejnost neprodleně informovat.
Sloučení výkonu státní geologické služby pod ČGS přinese nejen úspory, ale také vyšší efektivitu a koordinaci prací těchto po dlouhá léta úzce spjatých institucí.